Allí, en Madrid, tendrá benefactores, entre ellos la Marquesa de Almaguer (Dª Carmen de Manzanos y Matheu) que estaba casada con D. Ramón Sáenz de Heredia, hijo de Gregorio Sáenz de Heredia (1819-1908), el hombre que mandó construir el Palacio hoy Colegio en 1871, sobre el solar de una casona visitada por el rey Felipe V, hecho que recuerda unas gruesas cadenas que se conservan a la entrada.

Más de ocho años tardó en construirlo, ya que las obras se vieron paralizadas varias veces, sobre todo por el asesinato de Prim, el alma del gobierno provisional de aquella época y el apoyo del entonces rey Amadeo I de Saboya, que abdicaría en 1873, proclamándose una república en la que se sucedieron un popurrí de presidentes en tan sólo un año. Hasta que estalló una guerra civil (sí, la historia tristemente se repetiría más tarde) y se restaura la monarquía (parlamentaria) en la figura de Alfonso XII, hijo de la destronada en 1868 Isabel II.

El palacio no se acaba hasta 1880 aproximadamente. Su arquitecto fue Manuel Sáenz de Heredia, que era hermano de Gregorio Sáenz de Heredia, persona de importante cargo cuya genealogía posterior determinaría gran parte de la historia contemporánea de España. Éste, aproximadamente en 1886 , fijaría su residencia en Madrid para mejor atender la educación de su hija, Casilda Sáenz de Heredia (1879-1908).

Su relación con la Congregación que sustenta el colegio viene dada por Madre Esperanza, que llegará a Alfaro (1930) gracias al conocimiento por parte de la Marquesa de Almaguer que la casa de la familia Heredia en Alfaro se encontraba deshabitada y que podría ser un buen lugar para la obra que empezaba la Venerable. Así, después de entrevistarse con el administrador del Palacio en Madrid, sometió su decisión de fundar en la ciudad de Alfaro, a la aprobación de su director espiritual, Padre Juan Postius, C.M.F. (Estas siglas significan “Cordes Mariaee Filius” – Hijos del Inmaculado Corazón de María. Claretianos. Congregación fundada por San Antonio María Claret en Vich en 1849)

Dicha aprobación no se hizo esperar y el 17 de junio salía de Madrid un camión con muebles y las hermanas con la Madre al frente, destinadas a esta fundación de Alfaro. Al día siguiente, el 18 de junio de 1931, tenía lugar la inauguración de su misión: Colegio y Casa de Formación para jóvenes. El fin de esta Obra era acoger niñas pobres y proporcionarles una formación para el futuro para aquellas jóvenes que la solicitaban.

Y aquí residió “La Madre” hasta 1932, cuando funda en Bilbao un nuevo colegio. A partir de ahí su permanencia en Alfaro sería menor.

Las gentes de Alfaro y sus autoridades acogieron muy bien la nueva Obra, incluso al mes de la apertura, el propio Alcalde de Alfaro (en aquel entonces D. Domingo Ladrón de Guevara y Herreros que fue Alcalde desde el 15 de abril de 1931 al 10 de septiembre de 1932, que sería sustituido por D. Epifanio Lapeña) llevó cuatro niñas.

Muchas personas se acercaban a ofrecer comida, sobre todo en navidad y Pascua. Tres concejales pidieron se diera médico y medicinas gratuitamente y el mismo propietario del Palacio (recordemos que vivían alquiladas por D. Antonio Sáenz de Heredia) alquiló dos pisos a la Madre por menos de un tercio de los que pedía, con la seguridad de recibir el resto en oraciones.

En 1935, la Congregación compra en propiedad el inmueble. Desde entonces ha sufrido continuas reformas y rehabilitaciones. Una de ellas, quizás la más importante en duración y envergadura, fue cuando se tuvieron que sustituir las vigas de madera de todo el edificio debido a un voraz ataque de termitas que estuvo a punto de echarlo abajo. Ocurrió en 1964 y las obras duraron más de quince años.