Los muros interiores están coronados por entablamentos y frisos de serafines alados.

El coro ocupa parte de esa nave central, dejando los consabidos pasillos procesionales. Su acceso se realiza a través de una monumental reja barroca de 1697 pasando a un interior de sillerías corales, construidas en nogal, con tableros donde destacan en relieve esculpido los santos en el orden de la letanía. Los marcos llevan ricas tarjetas, aislándose mediante guirnaldas, acantos y pirámides.

Se observa una gran diferencia entre el trabajo de la sillería superior respecto de la inferior, debido a que la de arriba la realizó el maestro Mateo Rubalcaba, que murió cuando iba a comenzar la parte baja en 1708, acabándola otro escultor, seguramente un discípulo.En el coro se encuentra un órgano muy reformado.

Dando la espalda al coro se sitúan los feligreses; frente a ellos y haciendo las veces de altar, un hermoso baldaquino que sigue el mismo esquema que una custodia procesional barroca, coronado por una fabulosa talla de San Miguel, realizada en 1635 por Gregorio Fernández.

Las capillas se encuentran en los laterales y cabecero. En el ala izquierda las capillas de San Esteban, del Santo Entierro, de San Joaquín y Santa Ana y la de los Desposorios.

En el ala derecha las capillas de San Juan Bautista, la del Niño Jesús, la del Amor Hermoso, la de las Ánimas y la de San Roque, patrón de la ciudad.

El cabecero está ocupado por 3 hermosas capillas con cúpulas decoradas con frescos.

La capilla de San José contiene un hermoso retablo de tres calles flanqueadas por columnas salomónicas que contienen tallas de San José, San Gregorio y Carlos Borromeo, coronado todo por un calvario del s. XIII.

La capilla del Rosario es por la que se comienza la construcción de ésta colegiata y por dónde acaba. En su testero luce un magnifico retablo barroco dedicado a nuestra Señora del Rosario.

Por último la capilla de San Ildefonso, también llamada de los Araciel, ya que fue posesión de ésta familia. Cierra la capilla una reja del siglo XVIII con la Cruz de Santiago, en el centro del rosetón y el escudo de armas de la familia en su ático.

Un bello retablo de 1710 ocupa su frente; los laterales de la capilla están cubiertos por dos grandes lienzos que evocan la vida de San Ildefonso y la Batalla de las Navas de Tolosa; bajo éste cuadro se encuentra el sepulcro del arzobispo de Zaragoza, don Manuel Pérez de Araciel y Rada, con su escultura orante en alabastro.